Завод је основан 1978. године под водством  проф. др Вукоте Окиљевића  са првобитним задатком да се бави истраживањима у области агро и хидромелиорација. У то вријеме најзначајније активности су били велики инвестициони пројекти мелиорација у Посавини (Лијевче поље, Ножичка, Дубичка раван...), а касније средином 80-тих година пројекти хидро и агромелиорација крашких поља (тресетна земљишта Грахова, Ливна и Гламоча). Поред ових, одвијале су се и активности систематске контроле плодности земљишта, првенствено на великим државним имањима.

У предратном, ратном и поратном периоду, у новим специфичним околностима под водством  проф. др Петра Дурмана , основна активност Завода је била усмјерена ка рјешавању проблема везаних за агрохемију и исхрану биљака те увођења система контроле плодности земљишта на малим парцелама. Данас Завод располаже са модерно опремљеним лабораторијским простором (200 м + 150 м2), савременом теренском и лабораторијском опремом за истраживања земљишта, биљног материјала и вода у сврху правилне исхране пољопривредних култура те очувања и заштите животне средине.

Завод се континуирано развија, прати развој и уводи  нове технологије, тако да је једна од првих институција у БиХ која је почела са примјеном геоинформационог система (ГИС) у пољопривреди. У оквиру Завода је стално запослено 6 радника од тога 3 магистра (два докторанта), један дипл.инг. пољопривреде (магистрант на фитофармацији), један пољопривредни и један хемијски техничар.

Завод се тренутно налази у процесу увођења интегрисаног система квалитета у складу са захтјевима међународног стандарда ISO 17025:2005.