Naučno-istraživačke djelatnosti Zavod planira da realizuje kroz dva programa:

1. Program iz oblasti selekcije i oplemenjivanja strnih žita

Najznačajnija aktivnost Zavoda je program oplemenjivanja strnih žita (pšenica, ječam, raž, tritikale, zob). Stvaranje nove sorte traje najmanje 10-ak godina, od početka prvih aktivnosti pa do ostvarivanja punog cilja, odnosno uvođenja sorte u proizvodnju. Zadnjih deset godina Zavodu za strna žita priznato je:

• 14 sorti ozime pšenice: Sarajka, Ukrina, Pliva, Rea, Vrbas, Stojanka, Jelena, Granada, Banjalučanka, od kojih se Kristina, Prijedorčanka, Orion, Bosanka i Nova Bosanka nalaze u proizvodnji.
• 2 sorte tritikalea Viktor i Oskar
• 2 sorte ječma Oziris i Kosta
• 1 sorta raži Oktavija
• 1 sorta ovsa(raži) Sana

Navedene sorte se nalaze u proizvodnji u Republici Srpskoj i Federaciji BiH, koje su potvrdile svoj kvalitet na tržištu u konkurenciji sa stranim sortama.

Pored rada na osnovnim vrstama žita Zavod radi i na srodnim vrstama, kao što su Triticum durum, T. turgidum, T. spelta i T. monococcum, T. dicocoum. Ovaj posao može biti veoma perspektivan jer Zavod raspolaže sa bogatom kolekcijom biljnih gena – 2000 genotipova.

2. Program iz oblasti agrotehnike strnih žita

Pored problematike iz oplemenjivanja strnih žita Zavod se bavi i poslovima koji su vezani za problematiku agrotehnike strnih žita. Ovo su neodvojivi poslovi jer stvorenu sortu treba ispitati na različitim lokalitetima za različite agrotehničke parametre.